„The Good Lord Bird“ basiert auf dem gleichnamigen Buch des Bestsellerautors James McBride, ein historischer Roman über den Krieg zwischen überzeugten Sklavenhaltern und bibeltreuen Abolitionisten zur Zeit des Bleeding Kansas. Der Prediger John Brown (Ethan Hawke) tötet bei einem Kampf in einer Kneipe sowohl den Vater des jungen Onion (Joshua Caleb Johnson) als auch einen berüchtigten Sklavenhalter. In der Annahme Onion sei ein Mädchen, nimmt er den Jungen in seine Familie auf. Fortan reist Onion mit John Browns kunterbunter Familie von Abolitionisten-Soldaten durch Kansas um Sklaven zu retten. Schließlich wird Onion in den berühmten Überfall auf das US-Arsenal in Harpers Ferry 1859 hineingezogen. Doch Browns Razzia löste nicht den von ihm beabsichtigten Sklavenaufstand aus, sondern den Beginn des Bürgerkrieges.